Свою научную деятельность институт начал в 1925 г., когда была образована Северо-Западная сельскохозяйственная опытная станция на которую возложили научное руководство опытными учреждениями обширной Северо-Западной естественно-исторической области, включающей Псковскую, Петроградскую, Новгородскую и прилегающие части тверской, Смоленской и Ярославской губерний.

В августе 1925 года на територии совхоза "Белогорка" была проведена Княжедворская Областная зоотехническая станция Новгородской губернии, образованная в свое время на базе Княжедворского учебного хозяйства Стебутовских высших женских сельскохозяйственных курсов.

14 февраля 1956 г. ЦК КПСС и Совет Министров СССР приняли постановление об организации Северо-Западного научно-исследовательского Института сельского хозяйства. Он объединил Областную сельскохозяйственную опытную станцию (Белогорка), Государственную селекционную станцию (Суйда), Ленинградский торфяной опытный пункт, Ленинградское отделение Всесоюзного научно-исследовательского института удобрений, агротехники и агропочвоведения, Ленинградские отделения Всероссийского научно-исследовательского института механизации и Всесоюзный научно-исследовательский институт электрификации сельского хозяйства (впоследствии выделившийся в самостоятельный НИПТИМЭСХ). На вновь созданный зональный институт было возложено научно-методическое руководство сельскохозяйственными опытными станциями Архангельской, Вологодской, Псковской, Новгородской и Калининградской областей, Карельской и Коми автономных республик. Для Ленинградской области институт выполнял функции областной сельскохозяйственной опытной станции.

С 22 января 2003 года СЗНИИСХ переименован в Ленинградский НИИСХ. В институте ведутся исследования по агрохимии, земледелию, экономике сельского хозяйства и земельных отношений, кормопроизводству, первичному семеноводству картофеля и овощных культур, селекции зерновых, картофеля, многолетних трав и ярового рапса. Кроме того, ежегодно ежегодно ГНУ ЛНИИСХ Россельхозакадемии производит большой ассортимент оригинальных семян картофеля, зерновых культур, злакобобовых и бобовых трав, ярового рапса, элитных семян овощных культур, являясь ведущим поставщиком оздоровленного семенного материала для нужд сельхозпроизводителей Ленинградской области и Северо-Западного региона.